病毒變異和Omicron

12月4日的The Economist (經濟學人雜誌），有一篇討論新冠病毒變異、特別是最新變異株omicron的好文章。在這裡擇譯文中要項，再加上我的一些觀點，和大家分享。

根據武漢得來的様本，第一份新冠病毒（SARS-COV-2）的基因組（genome）於2020年1月10日發表。到現在為止已經有五百六十萬個基因組登錄在案。這些基因組，可以依其演化（evolve）源頭（common ancestor)而分類為23個分化枝（Clades)。

從11月15到11月25日，南非的病例從一天400例跳增到一天2000例。基因序列分析訂定為B1.1.529，也就是後來命名為omicron的新病株。這個病株在基因上，不僅和武漢的病毒有五十處以上的差異，也和以前所有的病毒大不相同。世衞組織很快將之標記為「須關注的變異」（variant of concern)。這是第五個獲得這個標記的病毒。至少一年以前，有一個和omicron最類似的病毒變異出现過，但是直到現在，很少再發現其蹤跡。專家提出三個可能性來解釋這個變異的突然再出現。第一，是這個變異的”祖先“可能在世界各地一直存在，但是沒有被發現。第二，病毒潛入潛出動物體內，並且從動物身上㨂到大數量的基因變異，來回傳回人身上。 第三，免疫功能低下的患者，好幾個月無法清除體內病毒；有位劍橋大學學者以為，長期存在體內的病毒利用這些病人的身體做為“演化健身房”，累積各種變異並學習新技倆，而產生複雜的新變異。這三種解釋並非新創，經濟學人雜誌的作者傾向第三種說法。

Omicron基因變異的程度是前所未見的。它和武漢流行的原始病毒相比有超過五十個變異，而且有三十幾個變異發生於病毒藉以進入人體細胞的棘突蛋白。Delta變異株在棘蛋白的1,273個氨基酸中9個有變化，而 Omicron有53個，而且其中10個還是從來沒有見過的變異。一發現這個和以往所有病毒株長得很不相同的新病毒株，自然而然地全球都高度關注會不會因爲有那麼多變異而傳播力大增，或者更具殺傷力。Omicron會不會取代Delta而成為全世界新冠病毒感染的主要病株？ 理論上，更多的棘突蛋白變異有可能使病毒更容易進入人體細胞內，也就是更具傳播力，事實上也有傳播力增強，而且病毒迅速傳播各國的報告。不過目前看起來，這個病毒的感染似乎並不會比其他病株有更高的重症率或死亡率。至於結構上變化這麼多的Omicron是否讓它能躲避人體免疫系統的察覺，因而使疫情經由疫苗或染病而得到的抗體失效，目前還不知道。美國國家衛生研究院的福奇（Fauchi）醫師認為我們下周就可以得到這個問題的答案。

如果Omicron有較強的傳播力，或者可以逃過免疫系統的偵測，它非常可能會取代目前最流行的Delta病株。從以前的例子（如Delta病株）看來，在某地新發現的病株，有可能從發現的地方很快的成為全球各地的主要感染病株。不過也不見得所有的新病株都會擴散到各地，成為全球的主要傳染病株。2020年底，南非有一波Beta變種就沒有擴散到外地。同樣地，Alpha 變種橫掃歐洲卻沒有傳到南非。一個變異的病株為何會、或不會傳到另一個地方的理由，和其他進化過程一樣，取決於地方的環境。每個地區的族群都有其特殊的免疫經歷，獨特的基因組合；各地區族群的一般健康狀況也有差別；各地區流行的病原菌，甚至存在體內的各種微生物，都會影響到某一個病毒變株會不會取代原有的病株。

疫情是病毒和人類之間的攻防戰。病毒一直在變異，人類也非一成不變。疫情也是人類的共業。兩年以來新冠病毒作瘧全球，各地區的民眾的個人和群體也積聚了強弱不一的抗疫能量。病毒的基因變易數多也許也沒那麼可怕，並非所有的變異都會相加相乘而使病毒的武功更強，有些變異之間可能會互相抵銷呢。

不論是由打疫苗或自然感染而產生的抗體都會與時漸漸消減。但是免疫系統的另一分支，細胞免疫，有可能會持續保護人體。Omicron的基因次序有百分之九十七和在武漢發現的病毒株相同。有學者認為淋巴球面對新的變異病毒時還保留了百分之九十三至九十七的鎖定目標的能力。所以我相信疫苗的效果會減低，但不會完全沒有，尤其在防止重症和死亡這方面，目前似乎病毒沒有攻破我們的防缐。

最後要呼籲大家要打疫苗並把防疫措施做足，不要因為最近有卓效的新藥研發出來，而心存僥倖。新冠肺炎能不得還是不要得，因為第一這個病毒對人體長遠的傷害能力我們對之掌握還不完全；文獻上報告的“Long COVID” （即新冠肺炎存活病患的慢性併發症）已經有一堆，而且並非染病後九死一生的病人才會有long COVID，輕症者也會有。第二這些新藥的真正效果往往沒有剛發表時那麼好（去年的瑞德西韋就是一例。今年默克藥廠的新藥，最後的分析結果，藥效遠不如第一個報告說的那麼好）。更何況，一個新藥有些副作用往往不是在一至三期的臨床試驗就可以看出來的。

Omicron對人類的威脅性到底有多大在未來幾周內當會有更清楚的了解。