在做疫苗的臨床試驗之前，要先假設這個疫苗的有效率。然後依照這個假設，算出要有多少人參加試驗，才有把握做出統計上有意義的結果。此外，藥廠還會決定，什麼時候可以做期間分析（interim analysis)。通常會規定，當參加研究的人（包括打了疫苗的實驗組和打到安慰劑的對照組）有多少人得到感染時，就可以局部解盲（unblind), 只翻染病的人的牌, 看看感染上病毒的人，多少在實驗組，而多少在對照組。這樣就可以算出期間分析時候，疫苗的有效率。嚴格來說，每翻次牌，整個試驗，統計上的要求就更高。更不能多次翻牌，存心要等翻到對公司最有利的結果，才喊卡。
輝瑞製藥已經做了第一次期間分析。在四萬三千多個參加臨床試驗的人，在對照組有八十五個人得新冠肺炎，遠比打了疫苗的實驗組（只有五人染病）多很多。有效率接近90%。另一家，同様在研究mRNA疫苗的Moderna公司，感染的人數也超過他們所訂的期間分析的指標（56人），所以不久我們也可期待看到Moderna疫苗的有效率分析（今天11/16Moderna剛宣布他們的有效率是94.5%）。
如果有兩個或更多的疫苗問世，（不算俄羅斯和中國的疫苗）。而且廣泛的在世界各地使用之後，疫苗可以使新冠病毒的大流行（pandemic）消蹝匿跡嗎？如果會，我們還要等多久？專家認為要停止大流行，不能只靠疫苗。而且我們至少還要等一年以上。
疫苗從來沒有過百分之百有效。在嚴格的試驗狀況下，輝瑞藥廠的疫苗大約是百分之九十。但是在真實世界（real world）的狀況，大規模、普遍的打疫苗時，很難複製臨床試驗時的水準。接種的人當中，老弱病殘的比例比在臨床試驗時多，沒有能產生足夠免疫反應的人也會比較多。而且疫苗在運輸、施打過程有瑕疵的機會也可能稍大。更重要的一點是，有些人不願意接受疫苗，而且從經驗得知，越是感染高風險的人，越是不打疫苗，所以一枝疫苗，在真實世界的有效性是會遠比在臨床試驗的結果為低。會低多少，我們還不知道。2012年流感疫苗的真實世界有效率，成人70%，幼兒（六個月到兩歲）是66%。
光靠疫苗就可以達到群體免疫嗎？群體免疫的定義之一，就是一個群體中有免疫力的人多到一個門檻（threshold）時，該群體染病的人數就不會再增加。這個門檻，受到病毒的傳染力和人群交流活動情況的影響。一般專家的計算是百分之六十七（六十到八十）。倫敦衛生及熱帶醫學學院的保羅. 費恩博士（Dr. Paul Fine) 以為這種計算太簡單、太不切實際了。他以為：1，疫苗用在實際世界的有效率尚未知；我們也不知道，疫苗的免疫效用有多久，打疫苗得免疫，過一段日子以後又會感染的人有多少；3，這種計算是假設群體內、人與人的交往，是均匀分配的（有免疫力的人平均的分散在沒有免疫力的人周圍）。實際上並非如此，高危險性的人可能會和一些沒免疫力的人常群聚。所以我們目前無從知道，有多少人打了疫苗，這個社群就會達到群體免疫的門檻。
專家一般的想法是，要對付像新冠病毒這種凶惡的病原體，我們不應該光靠疫苗，還是要有群眾和個體多層的防疫措施，才能打敗這個病毒。
要防止一個複雜的系統出差錯，三十多年前英國心理學家詹姆士.瑞珍 （James Reason ）提出了一個瑞士乳酪（Swiss Cheese）的模式。在一個理想世界，每一層防禦措施都完美無缺的，但是在真實世界裡，每一層都會有破口，就像瑞士乳酪一樣，每一層都會有些洞。打疫苗那層的漏網之魚，希望能被戴口罩的下一層防疫措施給擋住。疫苗那層失敗而又不帶口罩的人，希望他的社群社交矩離、戴口罩或打疫苗都做得好，所以他也不太有機會把病毒傳播出去。
據估計，就是疫苗在年底之前批准上市，生產、分配和運輸都需要時間，世界各地多數人能打得到疫苗，至少也要半載到一年。開始大規模的打疫苗之後，也可能要一年才能敲打戰勝大流行的鐘聲。實際上的時間表會因地而異。我曾寫過「疫疾和共業」，在不重視防疫的人（不造防疫善業）多的地方，可能要更長的時間，才能聽到鐘聲。台灣什麼時候才能大規模的施打疫苗，現在還不得而知。所以大家要有心理準備，我們到目前做得那麼好的，把病毒擋在國門外的多層防疫措施，有可能要再持續一年。也許可以隨世界的疫情狀況，很小心的逐漸減少乳酪的層次吧。
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