1、對疫苗有不切實際的期待
新冠疫苗和多數人心目中的疫苗使用經驗有很多落差。以往施打疫苗，往往是「打過即可忘掉」，因為多數疫苗的保護力長達數年、甚至終身。就是流感疫苗也是今年打過，要到明年秋冬再煩惱。但是新冠病毒由於疫情延續超過兩年半，所以許多打過疫苗或自然染過疫的人，血中抗體已經降到保護力不足的水準，病毒卻還到處都是，伺機就跳到人身上。此外病毒變異不斷，有些新的變異株，有逃脫人身上免疫監測的能力，所以穾破性或重復感染的例子也不少。疫苗剛批准上市時，許多人都沒有體會到要預防一個變異頻繁而又長久流行的病毒，期待一個疫苗給予我們持久的保護力是不切實際的奢求。
2、一種病毒，多種臨床病症
新冠病毒雖有好幾種變異，但是都屬於SAR-COV2病毒。一種病毒，臨床上卻可引起許多不同的病。引發的病大致可分為兩類：一類局限於上呼吸道發炎，另一類病變超出上呼吸道。後者以肺炎為最多，但其他的器官也會因各種不同病理機轉（如溶血機能受損，血管或其他組織發炎等）而受到傷害。所以臨床上我們可以看到肺血栓、心肌梗塞、心肌炎、中風等各色各樣的病。我們對這些病理機轉還不很了解，只知道有些是病毒產生的，有些則和我們自己的免疫系統有關。
既然病毒引起的病有許多種，產生疾病的機轉也不盡相同，我們能期待疫苗對不同的病症都能提供完整的保護力嗎？事實上疫苗在防止重症和死亡方面的效果都很好，但是在保護施打人染病這項目，效果就差很多。其實我對疫苗不能完全預防感染，一點也不意外。上呼吸道是病毒進入人體的橋頭堡，那裏承受的病毒量大，而血液循環平時並不特別多（也就是抗體和免疫細胞並不特别多），感染之後才充血以加強免疫機能，太晚了，病毒已站穩腳步。相對而言，肺臓是浸在血中，病毒較難在那裡得逞。所以自然感染新冠病毒的人，症狀侷限於上呼吸道佔多數，只有抵抗力差的人，病毒才能竄流到肺或其他器官去，造成中、重症甚至死亡。病毒侵襲到上呼吸道很快可以複製，而人類的防疫大軍要一、兩天才能充分動員，所以打疫苗好比模擬考，為的是使打過疫苗的人在感染到病毒時，免疫系統已經有些準備。不過打過疫苗的人所增强的免疫力，也是沒有辦法在我們防疫的弱點，上呼吸道，提供足夠的保護力。既然疫苗在防止上 呼吸道感染的能力較差，而局限在上呼吸道感染的人，雖然少有重症或死亡的機率，但有能力傳播他人，所以從防疫的觀點，除了疫苗要普及，還要佐以一旦懐疑有受感染，儘早採取如自我隔離、戴好口罩、保持社交矩離等阻绝傳播病毒的措施，我們才有辦法撃敗病毒。
3、對mRNA疫苗安全性的疑慮
輝瑞和莫德納的疫苗使用了實驗室中製作出的病毒基因的一部份（信使RNA，mRNA）來製造疫苗。RNA是由DNA轉錄（transcription)而產生；在有反轉錄酶存在的情況下，RNA是可以逆轉為DNA。反對疫苗的人就利用這個理由來宣傳輝端和莫德納的疫苗不安全，他們以為疫苗中病毒的mRNA可以變成DNA, 跑進施打過疫苗的人的細胞核，融入人的DNA裏面。他們說一來病毒的基因會「汚染」人類的基因（造成人/病毒的「雜種」），二來含病毒成份的基因有致癌的危險。他們的這種沒有確證的說法，在歐美引起不少人的恐慌和拒打輝瑞或莫德納的疫苗。其實他們所提出的問題不太可能發生。除了癌細胞和生殖細胞外，人的正常細胞很少有RNA轉化成DNA所必要的反轉錄酶。而且到目前為止只有一兩個實驗室在培養出來的肝癌細胞上，找到輝瑞疫苗的mRNA跑進肝細胞DNA的證據。美國的疾病控制和預防中心（CDC）認為沒有證據顯示疫苗的mRNA有進入細胞核。最後一點，其實人類的基因本來就不純，據研究有百分之八以上是來自病毒。
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